Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г. №314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" образованы федеральные службы.

Постановлением Правительства РФ от 6 апреля 2004 г. №155 "Вопросы Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и социального развития" Росздравнадзору определены функции по контролю и надзору в сфере здравоохранения и социального развития.

Постановлением Правительства РФ от 30 июня 2004 г.№323 "Об утверждении Положения о Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения" определено, что Росздравнадзор осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы.

Приказом Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 22 ноября 2004 г. №205 "Об утверждении Положения о территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и социального развития по субъекту Российской Федерации (Управлении Росздравнадзора по субъекту Российской Федерации)" утверждено положение о территориальных органах.

22 декабря 2004 г. Приказом Росздравнадзора от 22.12.2004 г. №657-пр/04 образован территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Забайкальскому краю (сокращенное наименование: Территориальный орган Росздравнадзора по Забайкальскому краю).

Полномочия Территориального органа Росздравнадзора по Забайкальскому краю в настоящее время определены Приказом Министерства здравоохранения РФ от 13 августа 2020 г. №844н "Об утверждении типового положения о территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения".